这本书在一开始，有些架空的地方，比如朱载壡的年龄，比如南方读书人不去江南贡院考，而去京城考，又比如将海瑞的官职调一下，将冯保的出身改变一下，这些处理都是为了让后续的剧情推进得更加合理，但是实在没有想到会出现如此多的抨击。
另外争议较大的有以下几点。
一，崇文门税吏能否对读书人如此举动，读书人的地位应该很高呀，怎么会被小小税吏所为难。
这一点很多人都有所误解，但是其实晚清时期的清人笔记已经告诉我们了。m.sxynkj.ċöm
无论是脑袋上插铜钱，还是为难读书人，都是崇文门的弊端，你们去搜搜看就行了，是真实被记录在案的，我没必要在这点弄出虚构的情节来。
二，对于海瑞的态度，是采用了先抑后扬的手法，只有这样才能写活朱载壡本人，他也会犯错，也会被自己的主观思维所误导。
任何人的思想是需要慢慢改变的，并不能一蹴而就，才来明朝几个月，他的思想是需要慢慢改变的，所以一开始，他与海瑞的冲突是合理化，同样的，这样的冲突也能促使海瑞做出一定层次的改变，看到后面的书友们，应该也知道了，海瑞已经开始崭露头角，往务实方向发展了。
三，欧阳必进与严嵩的关系，两者的关系不要看百度，百度是错误的，去看杨继盛的《请诛贼臣疏》，它会告诉你们答案的。
四，议罪银的事情，这点抨击的人最多，几乎是一边倒的在说我给明朝挖坑，但是任何政策不应该去结合基本国情吗，不同的国情所产生的政策效果是不一样的。
在当时地方上，事例银早就有先例了，金花银，事例银这些都可以去看看，地方上捐纳之风盛行。
这议罪银一事自然是不好的，但是为何不去引导政策呢？让这议罪银成为一张大网，去网出大鱼来？？
同时地方上本就各种隐性收入，但是中枢的银子却一直收不上来，没有银子谈什么治国，先有了银子，先把银子收到手，之后才能进行改革。
对于不好的政策，是要取缔没有错，这点我同意，但是我们是在改革，而不是进行休克式治疗，所以力度必须要一点点加上去，先规范，再摸底，摸完底之后取代不是更好。
五，很多人都说粗铁，精铁这是很不专业的，是很敷衍的，说什么为啥不用钢，甚至在外网的小说站中直接对着我亲戚开骂，这点我不知道该说什么，去搜搜看就好了，一把鸟铳最好是重五斤，这是同时期的戚继光说的，用钢实在是…哪怕是闽铁都…唉，你们开心就好吧。
六，再比如称呼上的问题，像是奴才一词，一直有人揪着这点说我是满狗，我已经有些心累了，这奴才一词并不是只有满清才有，而且满清的时候旗人才有资格称呼奴才，那是皇权高度集中的产物。
关于奴才与奴婢的问题，很多人被大明王朝所误导，不过这两者都可以用，如果细心一点，会发现内宦的称呼有很多，伴伴，大伴，老奴，老祖宗，奴才，内官（明朝内宦是官）长随，小火者。
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